In Geheimen van de vuurtoren gaat Olivia met haar broertje en zus naar de film. Maar dan gaat het luchtalarm, en volgt er een luchtaanval.
Als Olivia wakker wordt in het ziekenhuis, is haar zus verdwenen. Olivia en haar broertje worden geëvacueerd naar Budmouth, een dorpje aan zee. De enige bewoner die nog plek heeft is Ephraim, de vuurtorenwachter. Maar hij is niet gewend aan kinderen en gedraagt zich geheimzinnig. Olivia gaat op onderzoek uit en ontdekt dat er een groep Joodse vluchtelingen per boot aan zal komen vanuit Frankrijk. Heeft het briefje uit de jas van Olivia's zus er iets mee te maken?